事情结束，酒剑仙要回蜀山，两主角知道剑圣也在蜀山，为追寻赵灵儿下落，于是和酒剑仙一起乘飞葫芦来到蜀山。
[蜀山]
在蜀山遇见了剑圣，找到了小石头并得知赵灵儿被关到锁妖塔去了，主角两人决定启程到禁地锁妖塔解救赵灵儿。酒剑仙眼看无法劝说李逍遥，只好把雷灵珠送给李逍遥，并把酒神咒、醉仙望月步和仙风云体术传授给李逍遥，作为师徒间的礼物。两主角出发，通过铁链阵来到锁妖塔。
[锁妖塔]
从锁妖塔顶层出发一直向下层走，中途遇见蜀山弟子的灵魂得到七星剑，蜀山弟子误认为李逍遥是蜀山弟子却来此禁地，于是替蜀山处罚李逍遥，但最终战败于李逍遥和林月如，灵魂也因此得到解放，其女儿姜婉儿出现答谢两主角。随后在下面层解救了天鬼王，天鬼王要以吃了主角们作为报答(很奇怪的报答方式)，但最终被主角劝服，以帮两人打开通向下一层的通道作为报答。来到该层北面，天鬼王出现打开了通向下层的大门。之后还遇见了沉思鬼阻拦路，无奈主角们在该层找到了自认为聪明过人的书中仙帮忙解答了沉思鬼的疑问，最后通向底层七星盘龙柱。在那里，李逍遥终于遇见了变成蛇身地赵灵儿，锁在其中一龙柱上。伤心的李逍遥回忆起过去的事情，并想起被忘忧散所忘却的记忆。两人解救了赵灵儿下来，却招到镇狱明王的阻止。三人合力打败镇狱明王后，天鬼王等妖怪出现，表示佩服主角们，并希望他们能想到离开锁妖塔方法。书中仙告知主角们从化妖池水底击破所有龙柱就能解救大众，于是三人到附近找到进入化妖池入口，进入水底并消灭所有盘龙，锁妖塔随之崩溃。天鬼王和众小妖顺利逃离;姜婉儿更来到尚书府门口，被云姨收留，但主角三人，林月如在救李逍遥和赵灵儿时被压下来的碎石压倒。
[神木林]
李逍遥梦见林月如后醒来，发现在圣姑家(三人被剑圣救起)。圣姑告知李逍遥赵灵儿怀孕并受伤了，需要李逍遥找需要凤凰蛋壳、麒麟角做药材医治，但林月如已经无法救治。李逍遥在林月如遗体前大哭。圣姑送走了剑圣，李逍遥也出发先到神木林找凤凰蛋壳。千辛万苦找到凤凰并把它赶跑并得到风灵珠，却被阿奴偷走了凤凰蛋。李逍遥追阿奴，不振被掉到树下。阿奴用卖魂术救醒了李逍遥，阿奴知道李逍遥的目的后答应凤凰蛋孵出小凤凰后才把凤凰蛋壳给李逍遥，但要李逍遥协助她到树洞偷木道人收藏的宝物。进入树洞中，来到宝物收藏地却没有找到水灵珠，只好拿了其他宝物后离开。[可选剧情：欲进入桃花源，发现很大雾无法通过，于是使用风灵珠吹散大雾，在桃花源找到桃源村，遇见阿桃等人并得知村长被木道人抓去了，于是启程找木道人。途中遇见宋公子，在他指引下找到木道人并消灭了他，救出了村长。村长成全了宋公子和阿桃姑娘的这一对，并为了感谢主角两，赠送了寿葫芦，之后村民全部变回桃树，主角们也离开桃花源]回到圣姑家，得知阿奴是圣姑徒弟。之后两人起程去大理城。从圣姑家出来的东北面的树洞进去，上山后走过木桥就来到了大理。
[大理]
到达大理，此时大理正泛旱灾。[可选剧情：麒麟洞门口的一户人家，一男子向主角兜售仙剑，并要求主角用身上全部的钱购买。但购买后，男子马上开溜，两主角才发现上当受骗了。]阿奴和李逍遥试图进入麒麟洞，可惜被两个守卫拒绝。于是阿奴又到大理的东北边找到娘亲(族长)[可选剧情：遇见一可以村民，发现他为黑苗族间谍，并将他消灭]，又因为他们开会而赶了阿奴出来。但从会场下来发现一看守麒麟洞的守卫抓到一黑苗士兵，准备前去报告。阿奴灵机一动，带李逍遥再次来到麒麟洞，命令剩下的守卫去找走开的守卫，于是骗走了守卫，进入麒麟洞。麒麟洞中找到火麒麟，并与之战斗。火麒麟最终化做人型，了解主角来的目的后送出了自己的麒麟角，并告诉两人到女娲神殿一趟。两人按麒麟老人意思来到女娲神殿，李逍遥在跪拜女娲象时，忽然发现女娲象很象赵灵儿，于是走上石象前，还被吸了进去。李逍遥随后见了赵灵儿娘亲巫后，巫后要李逍遥回去十年前做一件他应该做的事。
于是李逍遥回到十年前黑苗族地方，遇见了十年前的赵灵儿和她的姥姥正被黑苗人围困。李逍遥上前杀退了敌人，使赵灵儿和姥姥顺利乘凤凰离开。李逍遥为了掩饰身份，换上黑苗人的衣服，乘黑苗人的船来到南绍此时南绍正泛洪水。李逍遥来到南绍宫殿，发现拜月教主准备号召各黑苗士兵消灭巫后以消水患。李逍遥进入宫殿，从殿内右上角入口进入底下监狱，找到巫后，并劝服了巫后逃生。巫后拜托李逍遥帮她找她的天蛇杖。于是李逍遥上回地面，从宫殿的左上角入口进入地下，把巫后告诉李逍遥的暗号传达给看守入口的石长老，于是石长老让你进去取天蛇杖。李逍遥拿到天蛇杖回到监狱并交给了巫后，两人正要离开，拜月教主和巫王带领士兵来到阻挠。拜月教主使用法术逼巫后变成蛇形，李逍遥正想阻挠敌人，被巫后拉着一同跳入水中。不料拜月教主在水底养了水魔兽，并且在水中会有不灭之身。两人只好一直逃走，最后走投无路。巫后使用风咒把李逍遥送上水面，自己和水魔兽同归于尽。
李逍遥回到地面，却又遇见追赶而来的拜月教主。正巧石长老也来到，拜月教主命令石长老对付李逍遥，但却被李逍遥击败。石长老不甘失败，准备使用绝招赤血毒焰，此时凤凰飞来，抓伤了石长老的左眼并带走了李逍遥。
凤凰把李逍遥带到了曾经出现在李逍遥梦中的罗刹洞。李逍遥通过了洞内迷宫并找到罗刹鬼婆将她真正消灭。此时林月如忽然出现，并和李逍遥开战，使李逍遥很困惑。幸好书中仙出来提醒李逍遥这是幻觉与现实的较量，必须相信自己的判断。于是李逍遥克服了心魔，消灭了冒牌的林月如。此时凤凰再次出现，把李逍遥带到了十年前余杭的山神庙。
