MGS3（食蛇者）：
时代回到了冷战时期，美国和苏联持续提升军备竞争，暗地裡不断派潜间谍刺探情报，火箭工学权威-索可罗夫逃亡美国，却因古巴危机双方达成协议，将他送还苏联，苏连研发一项有关火箭工学的秘密武器，所以美国派出了情报员-裸蛇去救回索可罗夫，却因他师傅也是传说中的士兵-The?Boss背叛和苏联GRU部队的闪电大佐-沃尔金合作，沃尔金用核弹摧毁了KGB研究所嫁祸美国，两国交战一触即发，美国和苏联秘密协议合作，派出裸蛇解决这次的危机，裸蛇带着被陷害的污名和必须杀死师傅的不愿内心交战，在行动中逐渐了解到背后隐藏的真相，那名传说称号的士兵的故事从此开始。
裸蛇（本名约翰，又称杰克）：
由传说中士兵The?Boss亲手培育的弟子，在The?Boss失踪后心情失意，参予了贞洁任务，和好友Zero少佐前往苏联拯救索可罗夫，在抵达当地后，The?Boss也突然出现支援裸蛇行动，遇到索可罗夫后得知GRU想要过来夺走博士，随即遇到GRU的菁英-山猫部队袭击，在裸蛇击倒来犯者后，The?Boss和他率领的眼镜蛇部队现身现场，伙同GRU的闪电-沃尔金夺走博士，裸蛇也被师傅击倒落河。
虽成功返回美国，但KGB设施被核弹轰炸的责任被压在身上，随即再一次前往苏联参与食蛇者作战，途中遇到苏联支援的EVA，成功将眼镜蛇部队消灭，却也在援救索可罗夫被发现被俘并失去一隻眼睛，回到葛拉德基地的裸蛇了解到<贤者遗产>的存在，并单挑击败沃尔金，随后沃尔金驾驶Shagohod秘密武器追击逃亡的裸蛇。
在基地边境和EVA合作成功破坏了武器，沃尔金也被闪电打死，之后依照The?Boss期望和她决战并亲手杀死她，在逃亡的飞机上和山猫展开对决，随后得到山猫认同离开，完成任务后苏联也不追杀裸蛇后回国，从EVA处得知The?Boss为了美国牺牲自己来得到<贤者遗产>，裸蛇不甘愿的接受了传说称号，成为了Big?Boss，在师傅墓前留下泪后便离开美国不知所踪，曾加入爱国者组织。
Zero（本名大卫）：
The?Boss的同期战友，随后认识杰克，曾将索可罗夫从苏联救到美国，而后又亲手送给苏联，在贞洁任务支援裸蛇行动，化名汤姆少佐，在救援索可罗夫失败后，也和裸蛇一样背上污名，说服裸蛇再次参与后来的食蛇者作战，用本名支援裸蛇行动，救援索可罗夫失败后感到愧疚，并鼓舞裸蛇继续剩下的任务，成功完成了食蛇者作战，也由于拿回了<贤者遗产>，成为了美国幕后唿风唤雨的人物，创立爱国者组织。
帕拉-医护士（本名克拉克）：
负责裸蛇在贞洁任务和食蛇者作战的医疗食物支援，拥有一流的医护士执照，被选上参与任务，在行动中替裸蛇讲述当地的食物营养补给和药物使用知识，维持裸蛇的健康状况，直到完成任务，她也拥有生化技术的知识，后来透过恐怖孩子计画诞生出了Big?Boss的复製人，爱国者组织一员，灰狐死后改造和Big?Boss死后仅维持生命状态也是她做的，而后被灰狐叛逃杀死。
席尼特（本名多纳尔多）：
负责裸蛇在食蛇者作战的武装知识和设备相关支援，在行动中替裸蛇讲述所取得的高科技武器以及使用方式，并协助裸蛇和Shagohod交战，直到完成任务，在之后设立了ARPA武器局（DRAPA前身），爱国者一员，后来在夏德岛事件被山猫拷问致死。
葛拉尼：
GRU裡面的军备科技研究的权威，因为索可罗夫出现而被閒置，对沃尔金怀恨在心，与裸蛇相遇后并支援他的行动，表示要将他的设计的MG技术传送给美国的友人（PW的休伊），嗜酒如命，后来因被沃尔金怀疑是间谍被处死。
索可罗夫：
火箭工学的权威，被苏联政府逼迫製造长程导弹，随而逃亡美国，并娶妻生子，但因古巴危机被送回苏联KGB，贞洁任务中被GRU的沃尔金夺走，製造出了秘密武器-shagohod，在将武器的资料交给EVA后，再度和裸蛇相遇，但却被沃尔金识破，随后被处决。
EVA：
美国逃亡至苏联的情报员之一，透过苏联指示支援裸蛇在食蛇者作战的行动，拥有高超的机车驾驶技术，曾给山猫吃轮胎印，伪装成索可罗夫的妻子卧底在GRU中，成为沃尔金爱人的身份，裸蛇被俘后，在牢房中差点被山猫识破身份，裸蛇用一隻眼睛救了EVA性命。
让EVA恋上裸蛇，驾驶军用机车和裸蛇一起将沃尔金驾驶的shagohod击败，在逃亡途中撞树不慎被树枝刺伤，勉强抵达飞机地点，之后和裸蛇飞往美国，实质上却是中国派去的间谍，拿走了<贤者遗产>，并将The?Boss的真相用录音带告诉裸蛇，但是EVA手上的资料是假的，随后逃亡不知去向，在越南流亡时，加入了爱国者组织。
眼镜蛇部队
二次大战由传说士兵-The?Boss率领的菁英部队，成功让美中苏叁国拿下了大战胜利，随后冷战时期解散，在哀伤捨命给The?Boss完成任务后，The?Boss重新招回部队并逃亡苏联GRU部队中。
痛苦：
操控蜜蜂的高手，痛苦全身都是被螫的痕迹，他认为战场上带给他的感觉就是痛苦，使用蜜蜂攻击裸蛇，将他引领到的洞穴水域内战斗，使用费洛蒙标记裸蛇，让蜜蜂追击，在裸蛇在水中躲避蜜蜂攻击痛苦后，痛苦将头套拿下，将体内饲养的子弹蜂放出攻击，但经歷激战后，痛苦仍不敌裸蛇，自爆而亡。
恐惧：
擅长隐匿的士兵，由于战场会给人带来恐惧，所以他以此为名，透过光学迷彩衣躲藏，迅速给予裸蛇偷袭，也设置许多陷阱想杀掉裸蛇，透过弩枪的箭上的剧毒让裸蛇陷入苦战，因为医护士準确的医疗支援，让裸蛇坚持下去，恐惧也因为光学迷彩衣会大量夺取体力，必须进行补食才能作战，裸蛇反过来利用这点让恐惧吃下毒物，而后追击才得以击败恐惧，最后在树上自爆，炸出所有弩箭作最后攻击但仍被裸蛇闪过。
终结：
狙击手的始祖，因为他一出手便会让敌人死去，故以终结为名，也由于年迈衰老，平时处于沉睡状态保持体力，直到裸蛇出现才醒来作战，身上的青苔迷彩衣具有光合作用效果可以维持终结的体力，而饲养的鹦鹉则是他的观察员，用以报出裸蛇位置，特製的狙击麻醉枪可以瞬间让裸蛇昏迷，在狙击攻防中，裸蛇解决了鹦鹉，使终结不容易抓住裸蛇的位置，被裸蛇接近攻击，最后终结带着感恩的心答谢裸蛇给予他最后的战役而不是老死，身体自爆回归大地。
愤怒：
在战场上带给他强烈的愤怒，以此为名，也曾参予过火箭试射失败，因为坠落时的大气摩擦火焰让他的愤怒无法停止，穿着隔热衣和火箭喷射器于空中行动，并给予裸蛇强烈的火焰放射器攻击，也让裸蛇无法接近，裸蛇只得在黑暗中隐匿，伺机找出愤怒破绽，将隔热衣割破并加以攻击，让愤怒被自己的火焰侵蚀，最后愤怒将火焰吸收体内，化为飞天火球给予裸蛇最后一击爆炸，但裸蛇侥倖躲过。
哀伤：
The?Boss的爱人，具有通灵的能力，透过死者传递的战场讯息，带给生者情报，看尽无数死人的哀伤，并得此异名，冷战期间因为哀伤为苏连方，The?Boss为美国方，两者对立的处境，哀伤为了The?Boss，牺牲自己让The?Boss得以存活下去，在裸蛇跳落河中昏迷之际，哀伤的灵体出现在裸蛇意识之中并给予裸蛇攻击，哀伤要裸蛇看着他在战场上杀死过的人的怨念哀伤，让裸蛇明白自己的过去，裸蛇不断向前撑过死者的攻击，终于抵达哀伤的尸体处，哀伤承认裸蛇后，便让裸蛇甦醒得以存活。
由苏联激进派的闪电大佐-沃尔金率领的军队，其下还有山猫菁英部队，在苏联领导者逐渐失势下台头，主导了这次秘密武器开发攻击美国的计画。
贤者遗产
二次大战中美中苏叁国秘密匯集的庞大作战资金，足以发动十次世界大战，贤者们组织间的争权夺利斗争，最后是由沃尔金继承这笔遗产，创立了葛拉德基地和Shagohod的开发作业，美中苏叁国都想夺取这笔遗产。
山猫（本名亚当）：
沃尔金手下的山猫菁英部队少佐，具有高超的射击技术，也由于年轻气盛，在贞洁任务中被裸蛇抓到卡弹的失误并被痛击，不过裸蛇也告诉他适合的是左轮枪手一派，随后食蛇者作战抓住EVA以左轮枪威胁裸蛇，但是被裸蛇抓到残弹数的失误又被EVA骑车刷过，在荒野中準备了两把左轮枪和裸蛇进行一对一对决，但是正当激战之中，痛苦的蜜蜂阻碍了决斗，随后又在拷问裸蛇期间，本想杀掉EVA，却裸蛇以眼睛吃下子弹阻挡，离开前将发信器装在裸蛇体内，让他逃狱时被他逮到，裸蛇跳河自救。
最后看裸蛇和沃尔金对决并给予支持，又驾驶机车追击逃亡的裸蛇，最后在裸蛇的飞机上和他肉搏和单发快速射击对决，山猫承认裸蛇后便离开机上，山猫除了是GRU侧的人也是KGB的卧底，将拿到的<贤者遗产>一部分给KGB，但是同时又是美国CIA的卧底，也是奉命支援裸蛇的苏联情报员-亚当，是叁重间谍，这次行动就是为了让美国取得遗产所设计的作战，透过The?Boss的牺牲得以完成，使美国取得了国际的绝对优势，山猫在那之后也加入了爱国者组织，事实上他就是The?Boss被抓走的儿子。
沃尔金（异名闪电）：
身体拥有储电放电能力，得到了闪电的外号，同时也是激进派GRU部队的指挥官，採强硬作风，和部队裡的莱可夫少佐关係亲密，得到The?Boss和眼镜蛇部队以及夺走索可罗夫后，用核弹摧毁了KGB研究所，嫁祸给The?Boss，使得苏联和美国进入备战状态，而后抢走索可罗夫的妻子（EVA伪装），不时虐待她，因为怀疑葛拉尼是间谍就直接处决。
在裸蛇伪装成莱可夫和索可罗夫接触，被沃尔金撞见并识破，随后在牢房处决索可罗夫并电刑拷问裸蛇，并爆出<贤者遗产>的真面目，随后裸蛇透过EVA和The?Boss帮助下逃亡，当裸蛇要炸毁研究所时，已抓住卧底EVA的沃尔金和裸蛇单挑被击败，又驾驶Shagohod追击裸蛇，最后被秘密武器被摧毁，随后沃尔金被闪电击中，燃烧身亡。
忠于任务的悲剧英雄
The?Boss（又名喜悦）：
最初眼镜蛇部队崛起时，因在战场上战斗感到喜悦，所以得此名号，和哀伤为恋人，因为成功引领二次大战胜利，所以授与The?Boss称号，因为和贤者们组织有关，所以儿子生下就被带走，经歷惨痛核曝，被送去测试美国的试射火箭，和裸蛇为师徒关係，感情极好，但因为任务而分离，在苏连执行任务时，被迫杀死哀伤，而后为了美国卧底在沃尔金身旁，贞洁任务扮黑脸将裸蛇打重伤并丢入河内，随后在食蛇者作战开始又攻击一次裸蛇。
在那后间断派出眼镜蛇部队攻击裸蛇，在裸蛇和沃尔金肉搏，将裸蛇制压住关入牢内拷问，差点被逼要射穿裸蛇的眼睛（保护EVA还是没了），随后将假死药打入裸蛇体内让他逃亡，在裸蛇回归和沃尔金对决时，将真相告诉EVA并要她带裸蛇到白花之塬碰面。
虽然成功拿到<贤者遗产>，但是因为KGB核弹事件，美国下达了The?Boss必须死在裸蛇手上的指令，抱着赴死的心态和裸蛇碰面并讲了自己的经歷后对决，The?Boss虽然和裸蛇交战激烈，最后还是倒下并要求裸蛇给与最后一击而牺牲了，裸蛇最后透过EVA的录音带，知道了The?Boss最后的任务真相，使裸蛇消失踪影。
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