开始主线剧情之后，返回GCPD总部跟先知交谈。
稻草人骇入了电脑，宣布对GCPD展开了总攻击。立刻前往GCPD的门口，这里已经涌入了一批敌人。可以用蝙蝠车来解决一部分，剩下的敌人会躲进通道里，需要靠肉搏解决。
此时GCPD的电源也被切断了，不过先知告诉蝙蝠侠在大厦的外面还能找到备用电源。用蝙蝠战车的绞索拉下排风扇之后进入通道，沿着通道前往大厦上层。
不计其数的坦克包围了GCPD总部，情况十分危急，已经到了生死存亡的关头，滑行到下方，从缝隙里穿过，到达哥谭市警方的备用停车场。
这边也已经围了不少的敌人，解决掉这些敌人之后用电枪来激活三个备用发电机。
之后返回蝙蝠车，芭芭拉会打开大门，之后驾驶蝙蝠车冲出去与坦克群交战。
敌人的数量非常可怕，不过芭芭拉会给予极大的支援，射击芭芭拉标记的位置，会引发大爆炸，一次性解决大量敌人。黄色标示为爆炸，紫色为瘫痪。这种爆炸还能为蝙蝠车提供充能，以发动弹幕攻击。
解决掉坦克群之后离开蝙蝠战车来到大厦上层，这边的敌人已经进入高度戒备状态，无法偷袭，只能直接下去刚正面了。
需要注意的是这波肉搏战是游戏里难度最高的肉搏战，最后甚至会出现全副武装的莽汉四人组，相当考验玩家的战斗技巧。不过这边先知也会给予援助，靠近指定的区域后按空格加鼠标左键就能和先知配合发动终结技。
解决完GCPD的麻烦之后，先知告诉蝙蝠侠她失去了罗宾的消息，立刻赶往帕尼萨影城确认罗宾的行踪。
果不其然，罗宾被稻草人带走了，稻草人给蝙蝠侠发下了最后通牒：要么蝙蝠侠向稻草人偷袭，要么戈登和罗宾就会被杀死。到这里本次任务也完结，只剩下最后的5%主线任务。
选择继续进行主线，离开帕尼萨影城，来到稻草人提到的地点。
稻草人要求蝙蝠侠放下身上的万能腰带和小工具，之后进入旁边的卡车车厢，来向他投降。
照着稻草人的要求来，之后会进入一段幻觉，蝙蝠侠再次来到了自己父母死亡时的街道，自己的周围则出现了无数的小丑，需要不停的对小丑进行攻击，一段时间后进入下一段剧情。
在车厢之中，蝙蝠侠终于来到了稻草人的据点，终于见到了稻草人和被困住的罗宾、戈登。稻草人在所有的市民面前现场直播，并且命令戈登摘下蝙蝠侠的面罩，向所有人揭示蝙蝠侠的真面目。
缓缓摘下的面罩最后揭露出了布鲁斯·韦恩的真容，绝望似乎即将降临。
画面一转，切换到了小丑的幻觉之中，驾驶小丑状态的蝙蝠战车来扫射所有的敌人。
之后玩家操纵小丑来逐一射杀躲在房间里的企鹅人、谜语人和双面人。当小丑离开到达外围时，耳畔传来了阿福的恳求。蝙蝠侠的意志已经快要被小丑侵占了，情况已经不能更糟糕了。
绝望之时，镜头又一次停在了小丑这一边，这里是蝙蝠侠创造的幻觉世界，一片黑暗之中控制小丑前进。
这边基本只有一条道路，沿着道路前进，遇到蝙蝠侠的雕像之后将其摧毁。
之后遇到哈莉，不断的按空格键跟她交谈，直到没有空格键提示为止。
最后会来到一个花园的外面，攻击出现的蝙蝠侠雕像，直到蝙蝠侠的雕像越来越多，不断的攻击雕像。直到最后蝙蝠侠会出现给予小丑一记飞踹。
进入新的意识领域之后，蝙蝠侠会现身跟小丑开始正面对抗，这时控制的角色也会改变为蝙蝠侠，不停殴打小丑，小丑倒地就按ctrl+鼠标中键捡起小丑继续殴打，最后根据按键提示释放终结技。
在意识层面的战斗之中，蝙蝠侠最后凭借自己顽强的意志力战胜了小丑的病毒，他的眼睛也从绿色变回了蓝色，终于从小丑的幻觉之中得到了解脱。
稻草人对蝙蝠侠的几次改变感到十分讶异，正当他准备对蝙蝠侠使出最后一击时，杰森的一发射击阻止了他，并且紧接着解放了蝙蝠侠。
蝙蝠侠将稻草人自己的试管插入了他的喉咙，成功制伏了稻草人，他的恐怖统治也得以完结。
戈登和罗宾被平安的救出，而所有人都知道了蝙蝠侠的真实身份，不过这一切远远没有完结，蝙蝠侠的工作还需要继续……
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