李逍遥看见了十年前的自己并告诉他山神庙内有一受伤女子(赵灵儿的姥姥)请求帮忙。李逍遥进去庙内，女子请求李逍遥拿着凤纹手绢找灵月公主前来帮忙。李逍遥来到余杭码头，向一商船船主出示凤纹手绢，商人还原为灵月公主，回去帮助山神庙内的女子。灵月公主和赵灵儿姥姥等人正准备告别李逍遥，李逍遥上前询问如何结束一场梦，得知只要完成要做的事情就能回到现实。灵月公主离去，此时李逍遥的婶婶前来寻找小李逍遥。李逍遥回到山神庙附近，遇见正在帮婶婶寻找小李逍遥的香兰，随后李逍遥从山神庙往下走来到自己过去最喜欢去的地方，并发现一个盒子内装有水灵珠，此时小李逍遥忽然出现，并收起了盒子。李逍遥提出用木剑交换盒子内的水灵珠，小李逍遥同意，于是李逍遥得到了水灵珠。但还是没有回到现实。来到码头，遇见以为正急于聘请船工的商人，李逍遥闲着没事做，于是上船帮忙，随船来到苏州。在苏州城门口忽然发现十年前的林天南和林月如，此时四周朦胧，李逍遥回到了现实。
李逍遥回到大理的女娲神店，此时凤凰蛋已经孵出了凤凰，得到了凤凰蛋壳。李逍遥和阿奴回到圣姑家，不久李逍遥和赵灵儿的女儿李忆如出世。圣姑拜托李逍遥从屋后去试炼洞帮忙寻找36个傀儡蛊。李逍遥独自出发，却在路上遇见了正在训练毒兽的盖罗娇。盖罗娇以为李逍遥前来偷看机密，于是和李逍遥交战起来。此时阿奴赶到，并向盖罗娇解析清楚，两人才解除误会。阿奴和李逍遥进入试炼洞[可选剧情：试炼洞内遇到一太小的洞，主角无法进入，于是阿奴放出自己饲养食蛊鸟进入洞中食蛊。食蛊鸟出洞后会产下很多蛊卵][可选剧情：试炼洞底下每层都有一座女娲遗迹，每座遗迹中可以找到呼唤神仙的咒文，一共有五个地点，可以学到五种咒文]，收集足够傀儡蛊后回到圣姑家交给圣姑。不久赵灵儿康复，加入主角队伍，开始起程到大理的女娲神殿。来到大理，发现黑苗人前来偷袭，一路杀敌，主角们来到女娲神殿。赵灵儿跪拜娘亲的石象，女娲象显灵，并把圣灵珠、圣灵披堸和天蛇杖传授给赵灵儿。三人下一层阶梯，由神殿东北面走去来到祭雨坛。赵灵儿把圣灵珠安放在坛边的石碑上，坛的四周立即出现四个台座。把水、土、风、雷、火灵珠按照：
火雷
水
风土
顺序摆放在台座上，五灵珠显灵，赵灵儿念起了祈雨咒文，随即大雨降临，大理干旱大地回复生机，黑苗人以为女娲显灵，统统慌忙逃跑。
白苗人民马上召开庆祝大典，不料黑苗派来的地魔兽从地面冒出，三为主角前去消灭之，决定继续前进彻底消灭拜月教。从地魔兽出现的洞口进去，来到白苗神殿往南绍城地下迷宫。
[南绍城]
通过地下迷宫，三人来到南绍城，在南绍大殿上，赵灵儿在大厅与巫王见面，此时拜月教主出现，并使两手下与三位主角开战。战胜两手下后，趁众人不镇，巫王手变成尖刀，插入赵灵儿后背，赵灵儿受重伤。巫王变成树精，众人才知道此巫王由树精变成，真正的巫王已经被拜月教主所杀。气愤的李逍遥和阿奴消灭了树精。阿奴紧跟着给赵灵儿急救，李逍遥冲出大厅，找拜月教主报仇，一会儿阿奴也赶到。赵灵儿奇迹般复活过来出现在两主角间。三人齐心协力打败了拜月教主。拜月教主不甘失败，跳入的水池。众人以为已经胜利时，忽然听见水底水魔兽的声音，因此决定下水把水魔兽消灭。
来到水底，遇见了水魔兽，惊奇的发现拜月教主啖食了水魔兽，并与水魔兽结合为一体。三人再次与拜月教主交战。经过艰辛的斗争，终于再次战胜拜月教主。赵灵儿在战斗中不镇使背后的伤口裂开，血液流到水中，竟被临终的拜月教主吸取(赵灵儿流有女娲血统)而得到不死身。拜月教主准备再次对付三人，赵灵儿急忙使用风咒送李逍遥和阿奴上地面。可怕的拜月教主冲塌了地面，掀起了洪水淹没了南绍城。阿奴不镇被卷入水中，李逍遥匆忙潜入水中营救阿奴。赵灵儿使用全身灵力，决定完成娘亲未完成的事情，以自己的身体封印拜月教主。战斗结束。
夕阳，李逍遥和阿奴站在屋顶，只看见赵灵儿的天蛇杖回到地面，却不见赵灵儿的身影。李逍遥也要离开阿奴踏上回归的路。依依不舍的阿奴在山头吹起送别的笛声。回归的路上，李逍遥遇见了复活的林月如(这就是圣姑要你找36条傀儡蛊的作用了)，正抱着李忆如，等待着李逍遥……
